こんばんは、
損益分配の割合を出資割合と違う比率にした場合、注意が必要なのが損失が生じた際の損失分配方法です。
税務上、出資額（調整出資金）以上の損失は取り込めないというポイントもありますが、出資割合と異なる損益分配で、損失分配を行うとおかしなことになるという点です。
個人の研究者が１０万円、スポンサー企業が９９０万円出資しLLPを設立し、損益分配割合は、５０：５０だったとしましょう。仮に出資金額全額１０００万円が経費として、消えてなくなった場合、もし、５０％ずつ損失分配されたとすれば、スポンサー企業では、５００万円の損失しか取り込むことができず、４５０万円の出資金が資産としてのこることとなります。事業資金が全て枯渇したLLPの資産価値が４５０万円残るというのはおかしい話です。やはり損失分配は、利益分配と異なり、出資割合に応じた分配割合とするカタチが合理的と言えます。
その点を明らかにするためにも、損益分配割合が出資割合と異なる場合は、有限責任事業組合契約に、損失割合の分配方法を明記（出資割合で分配する）しておいた方が、良いのではないでしょうか？